Door middel van onderzoeken (in de eerste fase bureauonderzoek en later veldonderzoek) wordt zowel op zee als op land gekeken naar de milieueffecten op verschillende thema's zoals bodem en water, natuur, cultuurhistorie en archeologie, veiligheid, gebruiksfuncties en leefomgeving. De resultaten van deze onderzoeken worden opgeschreven in een milieueffectrapport (MER) dat op kwaliteit en inhoud wordt getoetst door een onafhankelijke commissie (Commissie m.e.r.).
Naast milieu wordt er ook gekeken naar omgeving, kosten, techniek en toekomstvastheid. De onderzoeksresultaten uit deze vijf thema's zijn beschreven in de Integrale effectenanalyse